De Abdijkerk is tussen 1238 en 1250 gebouwd als de kapel van een klooster, gesticht door de vrouw van de Hollandse graaf Floris IV, Machteld van Brabant. Zijn bouwstijl zult u nog niet eerder in deze streken zijn tegengekomen. Het is een overgangsstijl, tussen de romaanse en gotische bouwstijl in, die sterk doet denken aan de zogenaamde Vlaamse Schelde-Gotiek. En dat heeft wellicht te maken met het feit dat het klooster onder voogdij van Vlaamse abdijen stond. Eigenlijk is alleen het oudste, oostelijke deel van de kerk (tegenover de toren) in deze stijl opgetrokken. Het meer westelijke deel (tegen de toren) is al helemaal gotisch van karakter. Dat deel is enige tijd later, in de tweede helft van de 13e eeuw, bijgebouwd, tegelijk met de toren. De bouwnaad tussen de twee delen is nog duidelijk te zien door het verschil in gebruikte steensoort. De vlakke muur die het oudste, oostelijke deel van de kerk afsluit (waartegen de preekstoel staat) is niet origineel. De kerk is oorspronkelijk waarschijnlijk langer geweest en afgesloten met een halfrond koor.

Het Cisterciënzerinnenklooster 1229 - 1573 In 1229 besluiten Floris IV en zijn vrouw Machteld van Brabant tot stichting van een klooster op hun landgoed te Loosduinen. Op die plek stond een "villa", een verzameling van een aantal hoeven. Ook was er een kapel, die reeds in 1186 genoemd wordt als locatie voor het huwelijk van Dirk, zoon van Floris III en Aleid van Kleef. De eerste nonnen die afkomstig waren uit Utrecht en deel uitmaakten van de orde uit Citeaux, trokken er rond 1230 in. Door schenkingen van vooral Machteld maar later ook door haar zonen breidde het grondgebied van het klooster zich langzaam uit. In de 16e eeuw lezen wij dat het klooster lijdt onder de economische teruggang. Door de alsmaar dichterbijkomende strijd tussen de Spanjaarden en de Geuzen worden de bewoners van het klooster in 1573 gedwongen hun gebouwen te verlaten. Vanaf die tijd wordt het klooster regelmatig door zowel Spanjaarden als Geuzen geplunderd en uiteindelijk verwoest. Alleen de toren en delen van de muren van de kapel blijven overeind.

De Protestantse kerk 1580-heden In 1580 krijgt de Hervormde Gemeente, die al enige jaren actief was en bijeen kwam in een schuur bij het landhuis Kraayensteijn, van de staat de beschikking over de overblijfselen van de kloosterkapel. De in 1578 benoemde predikant, Ds. J.C. Meursius, begint direct met de wederopbouw van de kerk. In 1587 mag er een uurwerk worden aangebracht in de toren. De schoolmeester krijgt de taak om de klok te luiden en op te roepen voor de eredienst. Ook moet hij maandelijks de kerk aanvegen. In 1791 is een grote restauratie van de kerk noodzakelijk. De gemeente zal in de jaren daarna nog regelmatig geconfronteerd worden met grootschalige aanpassingen en restauraties. Het meest ingrijpend is de vergroting van dekerk in 1908 met twee neogothische zijbeuken. De toren, die eigendom is van de gemeente Den Haag, wordt in 1941 gerestaureerd. In 1952 worden er in afwachting van goedkeuring voor een grootscheepse restauratie noodzakelijke reparaties gedaan en worden de kerkbanken vervangen door losse stoelen. In 1969 wordt begonnen met een uitgebreid bodemonderzoek in en rondom de kerk. De contouren van de oorspronkelijke vorm worden teruggevonden en de kerk wordt zoveel mogelijk in die staat teruggebouwd. In 1971 wordt met dit karwei begonnen. De eerder genoemde zijbeuken worden weer afgebroken. In april 1976 wordt de kerk weer officieel in gebruik genomen. Er is dan ook een ontmoetingszaal aangebouwd voor kerkelijke activiteiten.